青色申告決算書だけ後で提出する方法

青色決算書のみ電子申告するのは、e-taxソフトであれば可能ですが、国税庁確定申告書等作成コーナーでは、できないのではないかと思います。
どうしても同作成コーナーから電子申告を希望されるのであれば、併せて確定申告書も再度送信されたらいかがでしょうか。
期限内であれば、後に提出された申告書が有効になります。

ご丁寧にありがとうございます。
早速etaxのソフトをダウンロードしてみました。
申請はマイナンバーを使って税務署でIDとパスワード作ってもらって申請しています。

いくつか開いてみましたが青色だけ申請する場所が見当たらないのですがどの項目から申請するかわかりますでしょうか。

ちなみに申告書を最初からまた作らなければならないのであれば青色だけ郵送しようかと思います。

e-taxソフトは、例えばfreeeや弥生会計などの会計ソフトのデータを組み込む場合を除いて一から作成しなければなりません。
システム自体は確定申告書等作成コーナーの方が使いやすいので、決算書だけ提出するのであれば、コーナーで作成して紙で印刷の上、郵送してもらった方が早いですよ。

度々すみません。

弥生のソフトでは既に作成済みなんですが、弥生はマイナンバーの取り込む機械がないとetaxでは申請できず、IDが使えなかったため今回は確定申告のサイトから再度表だけ入力しました。
etaxのソフトでは弥生のデータが読み込めるのでしょうか？

弥生会計（やよいの青色申告）の確定申告モジュール画面から書き出したデータは、国税庁がダウンロード提供している「e-Taxソフト」への取り込みに対応しています。

ご丁寧にありがとうございました！
試してみます！