アルバイト学生の扶養控除申告書記載住所について

住民票の住所と実際の住所がことなる場合は、給与所得扶養控除等（異動）申告書には、その年の1月1日に実際に住んでいる住所を書かれた方が良いと考えます。(実質課税)
それと合わせて住民票のある住所も記載しておかれたら良いと考えます。
単身赴任や学生等、一定の理由があれば良いですが、転入届を速やかに届け出ないと罰則もあります。

「抜粋」
住民基本台帳法第22条（転入届）

　転入（新たに市町村の区域内に住所を定めることをいい、出生による場合を除く。以下この条及び第30条の46において同じ。）をした者は、転入をした日から14日以内に、次に掲げる事項（いずれの市町村においても住民基本台帳に記録されたことがない者にあつては、第１号から第５号まで及び第７号に掲げる事項）を市町村長に届け出なければならない。

「抜粋」
住民基本台帳法第52条（罰則）

第22条（略）の規定による届出に関し虚偽の届出（第28条から第30条までの規定による付記を含む。）をした者は、他の法令の規定により刑を科すべき場合を除き、５万円以下の過料に処する。

２　正当な理由がなくて第22条（略）の規定による届出をしない者は、５万円以下の過料に処する。

アルバイト先に確認した方がよいと思います。会社の独自のルールがある場合もあるので。
実際に住んでいる場所でよいと思いますが、住民登録がないと、市町村から、会社に確認の連絡があると思います。