住宅ローン控除を誤って申請。5年以上前でも修正手続きはできますか?
今から6年前(2016年度)に住宅を購入しました。フラット35で住宅ローンを組み、確定申告をしたのですが、本来、住宅借入金等特別控除(10年間控除を受けられる)を選択すべきところを、単年度の控除(一括購入)を選択していたようです。
当時、eTAXで手続きをしており、税務署からの疑義もなく受理されていた事から、誤りに気付いておりませんでした。
今年度は、医療費控除があったため、確定申告をした際に、住宅ローン控除がされていない事に気付いた次第です。
すぐに税務署に相談したところ、一度選択した制度を変更する事はできないという回答でしたが、国税庁ホームページ等の説明では、原則、5年前まで遡って更正の手続きは可能との記載もあり、本当に何も方法がないのか疑問に感じております。
本来、10年間で約400万円の控除を受けられていたのに、10数万円しか受けられていない事が本当に悔やまれます。
私に落ち度があるのは認めますが、普通に考えても、一般人でキャッシュで一括購入するわけがなく、申請を受けた時点で税務署から間違えていないか確認を頂いていれば、選択の誤りは防げたはずです。
また、明らかに誤った申請である以上、原則の例外として、更正の手続きを受け入れてもらえる方法はないのでしょうか。
お恥ずかしい相談で恐縮ですが、ぜひ専門家の方のご知見をご教示頂けると幸いです。
よろしくお願い致します。
税理士の回答

安島秀樹
よく分からないのですが、6年前は住宅借入金特別控除と一括購入の選択性だったのですか。e tax で住宅借入金特別控除の画面を見るとそういう選択はないようですが。毎年 控除を申告できるのではないかと思います。確定申告してない年は控除をいれて申告書を出せばいいと思います。確定申告していて控除を入れていない年は、「嘆願更正書」ということで出したらどうですか。たぶん受け付けてくれるような気がします。
安島様
早速コメントを頂きありがとうございます。
当時、住宅に関する控除が複数種類あることを存じ上げずに、認定住宅新築等特別税額控除を利用していたようです。
(これについては当該年だけで控除しきれない分は、翌年度分で控除してもらえるようですが、額としては僅かです)
そもそもの制度選択を誤ってしまった場合、更正の嘆願という事は可能なのでしょうか。
(無理を承知でお願いはしたいですが、書面にする方法等をよく分かっておりません)
ご教示頂けると幸いです。
よろしくお願い致します。

安島秀樹
↓ 国税庁のパンフにこういう記述があるので、更正も効かないみたいです。
■留意事項■
・ 認定住宅の新築等をして、住宅借入金等特別控除を適用する場合には、その認定住宅の新築等について認定住宅新築等特別税額控除は適用できません。
・ 認定住宅新築等特別税額控除を適用して確定申告書を提出した場合には、その後において、更正の請求をし、又は修正申告書を提出するときにおいても、認定住宅新築等特別税額控除を適用します。
なお、住宅借入金等特別控除を適用した場合も同様です
安島様
ご説明ありがとうございます。
更正も効かない旨、承知しました。
税務署に伺い、改めて今後必要な手続き(控除しきれなかった分の控除)をさせて頂ければと存じます。
本投稿は、2021年09月27日 06時52分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。