農業と私用で乗った軽バンを売った場合の申告

所得税における減価償却は強制です。任意ではありません。
仕事に使っている割合（減価償却費×事業割合）は、各年の必要経費であり、確定申告で計上していないのであれば、単に計上漏れです。
時効にかからない５年以内の分については、更正の請求の対象です。

また、事業に使っていない部分は、減価の額を考慮しますが、そもそも、一般的には軽トラを日常の生活に使っていれば、生活に通常必要な動産に当たるため、非課税です。

非課税の部分は確定申告書に記載しません。
記載するのは、事業割合にかかる部分です。
収入金額は　50万×事業割合
取得費は、１円
です。

購入してから８年経過していますから、総合課税の長期譲渡所得です。
総合課税の譲渡所得には、特別控除50万円ありますから、譲渡金額が50万円なら、所得金額は０円です。

理由は違いますが、結果は譲渡所得０円と貴殿の考えと一致しています。

減価償却は任意ではなく強制ということが分からずにおりました。
税務署の相談センターにも電話して尋ねてみたのですが、同様の内容で、任意なのは法人であるということでした。
今回は回答ありがとうございました。