大学入学金、準備金で学生がFXでかなりの利益。

追及されたとしたら、親からの贈与と答えることになると思います。
親からの借り入れとするのは今の時点では無理があります。（事実に反する）

来年の入学受験金等をわざわざ今年に息子の口座に振込みをする必要性があるのかどうかという点（親が直接学校機関等に振込めばいいですし）で、贈与税が課税される可能性もありますが、仮に課税されたとしても500万円に対する贈与税は485,000円です。

1億円の利益が出ているのであれば全く問題ない金額でしょうし、心配する必要はありません。
贈与を受けることは犯罪行為ではないですし。

FXの方は忘れずに確定申告してください。

迅速丁寧な回答ありがとうございました。
息子にもきちんと伝える事ができ、まずは安心してました。
しかし、投資資金はあくまでも学費準備金であるのですぐにでも返してもらい、いたずらに投資されないようにする予定ですが、ここでまた疑問が。500万返してもらうにあたり、そのお金の流れについて何かしらの名目で書面作成し、日付署名捺印したほうがよいのでしょうか。
返してもらう際には親の銀行口座に振り込むべきか、現金でもらい、保管すべきでしょうか。息子が投資したお金は親からの贈与となるなら、息子からその額を返還してもらっても贈与になり、結果二重の贈与になるのでは？等と思ったり、混乱してます。そもそも、贈与のつもりはなかったので、もとに戻したいだけなのですが…。
質問の時現時点の利益１億と記載しましたが、ゼロ多く入力してしまいました。1000万でした。

贈与の意思はなかったので返還してもらう　という場合
以下のような取扱いがあります。
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/sozoku/640523/01.htm
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/sozoku/640704/01.htm
贈与税の申告期限前に名義を元に戻せば贈与税は課税しませんよ　という取扱いなので、親の銀行口座に振り込みで返してもらえばいいのですが、、


今回のケースでは、振り込まれた500万を息子が既に処分（FXの口座に入金して運用）してしまっていますから、この取り扱いは適用されない可能性があります。
そうなると、親に戻す500万も贈与税が課税される可能性があります。
（親から500万円を振り込まれる前の息子の口座の残高が500万円未満であったと仮定。500万円以上でしたら息子自身のお金を運用したことになりますから。）


息子がFXの利益について所得税の確定申告をするのは当然として、
500万についての選択肢としては３つあります。
①500万円は返還せず、息子が贈与税の申告をする
②上記URLの取り扱いが適用されるのを期待して500万を返還する（贈与税申告しない）
③上記URLの取り扱いは適用されないものとして敢えて500万円を返還し、息子も親も贈与税の申告をする。


どれを選択したら良いかというところですが、これは私の価値観での判断ですが、
③は贈与税が2重にかかるので論外として、②だと税務署から指摘を受けないか贈与税時効の6年間は精神的に安心できないですし指摘を受けたら③になってしまうので、そうなると①ということになるかと思います。


ちなみに500万円以外の贈与がないと仮定すると贈与税は
親→息子　48.5万円(ただし未成年の場合53万円)
息子→親　53万円
です。


以上は私の見解であり、他の見解をする税理士もいらっしゃると思います。また国税当局の判断ではありませんので、あらかじめご了承ください。