投資に関わる損金の取り扱い、翌年度への繰越

　まず、質問者さんの証券口座は特定口座（源泉徴収あり）でしょうか？
　次に、上場株式等の売却損は、確定申告すれば翌年以降3年間繰越すことができます。ただし、下記に福岡市ＨＰのリンクを貼っておきますが税制と社会保障の制度はリンクしていません。なお、健康保険料、介護保険に関して具体的なことについては、お住まいの市区町村に直接聞かれることがよろしいと思います。

外部リンク先　福岡市ＨＰ「前年に株式の譲渡損失があったため確定申告をしており、今年は株式の譲渡所得が出たので、繰越控除の適用を受けようと思うのですが？市県民税などに影響はありますか？」
http://www.city.fukuoka.lg.jp/zaisei/zeisei/qa/FAQ4178_2.html

証券口座は　全て　特定口座です。税制と社会保障制度はリンクしていないと伺い、ショックでした。
今年はかなりの金額を　損失しそうです。留意すべき点　ご教示いただければ　ありがたいです。
よろしくお願い申し上げます。

特定口座の「源泉徴収あり」ＯＲ「源泉徴収なし」のどちらでしょうか？

源泉徴収　あり、です。
ご回答よろしくお願いいたします。

　特定口座（源泉徴収あり）ということですので、普通に申告して売却損を繰り越せば、翌年以降の黒字をぶつけることにより、特定口座上の源泉徴収された20.315％の税金が戻ってくるということになります。20.315％の内訳は所得税等が15.315％であり、住民税が5％です。
　ただし、このことにより前述したように、健康保険料や介護保険等の社会保障制度に影響が及びます。ですから、結論から言うと、住民税5％分の戻り分と、余計にかかる社会保障制度の負担部分とどちらが大きかということです。これについては、質問者さんのお住いの自治体に聞いてもらうしかないです。
　ただし、自治体の方でも仮の計算はできないと言ってくる可能性が高く、その場合は、質問者さんの自己判断で決断するしかないといえます。
　なお、1つの案として、所得税では確定申告をするが、住民税では申告不要を選択するというのはどうでしょうか？この場合、所得税等15.315％に関しては損失を利用でき還付が受けられます。そして、住民税は申告不要なので、5％分戻ってきませんが、社会保障制度には影響を与えません（譲渡所得等が国民健康保険税や介護保険料などの算定に加算されない）。そのへんのところを、群馬県明和町ＨＰで詳しく記載されているので、下記にリンクしておきます。
　なお、確定申告するには、まだ早い時期ですが、所得税と住民税では異なる方式を、質問者さんはおそらく今までされたことがないでしょうから、申告間際で焦らないように、今の段階で、どのような手続きをしたらよいのかを、お住まいの自治体に聞かれに行かれるとよろしいと思います。

外部リンク先　群馬県明和町ＨＰ「所得税と個人住民税で異なる課税方式の選択について」
https://www.town.meiwa.gunma.jp/life/soshiki/zeimu/sonota/1472.html