青色申告の株式会社の確定申告が出来ない場合、どうなりますか？

お疲れさまです。
大変ですね。原則論から言えば、利益が出ている場合には、納税義務が発生する、ということなので、申告をして、納税することが必要です。青色申告の場合には、期限内に申告書を提出することが要件です。（資料から判断がつくかどうか、ということも問題ですね）
ただ、お話を拝見する限り、事業継続が難しい状況のようですね。
会社は、会社であって、代表者個人とは別の事業体です。
申告をすることが、原状の状況でできなくても、代表者のご親族が、何かの義務を要求されることはありません。
申告を出すことが出来なくても仕方がない状況だと思います。
ご参考までに、休業の届出を出すことはできると思います。何も出さないと税務署でも状況がわかりませんので、異動届という書類に代表者が病気で仕事をしていない、事業再開の見込もない、と記載して、提出しておいたら良いと思います。
http://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/hojin/010705/pdf/2801h006.pdf
廃業には、会社の解散をしないといけません。ただ、なかなか準備も整わないとできないので、準備されて行えばいいと思います。司法書士さんに頼めばやってくれますが、費用は結構かかります。
会社はそのまま放置していますと、休眠会社とみなされて、登記所で職権解散になる取扱もあり、そういう事も含めて、よくご相談して、じっくりお決めになるのが良いと思います。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

ご回答ありがとうございました。
お礼を書いたのですが、今見たら、送れれていなかったようで、お礼が遅くなって申し訳ありません。書類PCを探して確認してみます。
休業の届け出は一度だすと有効になるのでしょうか？利益が0でも毎年出し続けないといけないのでしょうか？

お疲れさまです。
休業の届出は東京の場合には税務署と都税事務所（三多摩地域は市区町村役所も）（東京都以外なら、税務署、道府県税事務所、市区町村役所の3箇所）に提出します。
提出すれば、特段の事実がない限り、休業しているもの、と認識してもらえます。
青色申告書を毎年正しく出すことで、過去の欠損を繰り越して控除することが出来たりしますが、事業再開の見込みが無いならば、従事者もいないわけですし、提出できない、という対応で良いと思います。提出すると、自動的に、地方税の道府県民税・市区町村民税の均等割が、原則として年間7万円が発生しますので、申告する手間と作成する費用と税金が出てしまいますので。
以上お答えとさせていただきます。

返信ありがとうございます。
会社設立が2015/7/1で、2015/7/1-2016/6/30の決算はどうやら作成して法人住民税を兵庫県と神戸市には支払ったようです。その後は病気になったので、営業しておらず、売り上げは0だと思います。今その控えがないか探して、それがあれば何とかなるかとも思ったりするのですが・・・・
書類がなければ、専門家に頼む事も出来ないので、引き続き、探しているところです。病人の介護と確定申告以外の後始末もあるし、なかなか事が運びません。
兵庫県と神戸市は休業届を出せば良いみたいなのですが、青色申告だし、確定申告をどうすれば良いのか・・・
いろいろ助かりました。
また宜しくお願いします。

何度もすいません。極めて初歩的な質問なのですが、2017/2/15～2017/3/15までに申告しなければならない法人の事業所得は2016/1/1-2013/12/30までの所得でしょうか？
それとも会計年度の2015/7/1-2016/6/30の所得でしょうか？
課税対象期間が、法人の会計年度と同じであれば、法人住民税の時に作成したであろうと思われる決算書等さえあれば、何とかなると思うのですが、課税対象期間が2016/1/1-2016/12/30であれば、仮に決算書が見つかっても、2016/1/1-2016/6/30までの分を算出したりしなければならないのでしょうか？（それ以降は0です。）
個人の申告と同じだと思い込んでいたのですが、極めて初歩的な質問ですが、法人の青色申告は全く分からず、調べても分からなかったのでお教えいただければ幸いです。
宜しくお願いします。

こんにちは。
2月16日から3月15日に行うものは、個人の所得税の確定申告の提出と納税、です。
会社の場合には、決算期終了後2ヶ月後、が申告と納税の期限です。
ですので、ご質問から、会社は6月30日が決算日なので、今回の2月26日から3月15日というのは、個人で事業などの収入がある人が行う所得税の申告ですので、関係ないです。
会社の場合には、税務署に法人税や地方税、都道府県に事業税・県民税、市区町村役所に市区町村民税を申告しますが、全て決算終了後2ヶ月が期限ですので、6月末決算の場合には8月末ということになります。
会社を設立して事業をしている場合の代表者の個人の納税は、会社から役員報酬を貰う形となり、一般的には年末調整をして、個人の税金の精算をします。
個人の所得税の確定申告は、暦年単位です。1月1日から12月31日の期間の所得を、翌年2月16にちぃtから3月15日に申告して納税します。
個人で確定申告はしない前提ではないかと思います。もちろん会社を設立する前は個人事業者だったかもしれませんので、個人の確定申告もしていたでしょうが、個人に会社から受ける役員報酬・給与以外に、例えば地代や家賃収入などの不動産収入でもある場合には、毎年個人の所得税の確定申告・納税が必要になりますが。
すべてのご質問に答えられているかわかりませんが、
取り急ぎ回答とさせていただきます。

早速の回答ありがとうございました。
根本的に間違っていたようで,助かりました。２月１５日から３月１５日の間に申告しなければならないと思い込んでいました。
法人住民税は自治体から用紙が来ていて、支払ったような事を家族が言っていたので、お教え頂いた通りだとすると、法人所得税もその時に申告している可能性もありそうなので、再度確認してみます。
万が一支払っていなければ、税務署から催促状か何か来ておりそうですが、そういうものは来ていないようなので、異動届を出せば、休業出来そうなので、税務署に相談して提出します。
いろいろと本当にありがとうございました。
また宜しくお願いします。

お疲れ様でした。よい対応ができますことをお祈りしております。

いろいろありがとうございました。