持続化給付金を課税対象として消費税の申告・納税をしてしまった場合の対応方法

対応方法はまだ提出期限内なので訂正申告を行います。
申告期限内に2つ以上の確定申告書が同じ人から提出された場合、最後に提出された申告書を正式なものとして取り扱います。手続きの方法は、最初に提出した確定申告書と同じ様式の用紙を使い、修正が必要な個所を正しく記入し、それ以外は提出済みの内容を転記します。
再申告時には、訂正に必要な書類などもそろえて添付してから提出します。再作成した確定申告書には、1枚目に「訂正申告」と記し、訂正前の確定申告書の提出年月日と申告税額を赤で記載してください。
電子申告の場合は再送いただければ、後で送られた方が採用されます。

境内生 様
さっそくご丁寧なご回答をありがとうございました。
今回は電子申告しておりますので、訂正版を再申告しようと思います。大変参考になりました。

重ねての質問で恐縮ですが、訂正前の納税額ですでに納税してしまった場合（恐らく払い過ぎになってしまっています）、何らか手続きが必要でしょうか。訂正版を再申請すれば、訂正後の納税額との差額が後日返金されるのか、がわかりかねました。もしご存知でしたら、ご教示いただけますと幸いです。

どうぞよろしくお願い申し上げます。

すでに納税済であれば過誤納ですので還付されます。