5年以上前の確定申告について

延滞税や加算税は納付税額があるのに無申告であったり、過少申告であった場合に課されます。
5年超前の還付申告はできないというだけです。

なるほど
私の場合、6年ほど前に派遣会社を退職後に別の企業に就職したのですが、派遣会社に勤めている分の年末調整をしていませんでした。
この場合はどうなりますか？
別の企業の分は年末調整はやってあります。

本来は、派遣会社から退職時までの源泉徴収票の交付を受け、それを別の企業に提出して合算し年末調整すべきでした。
それをしていないということは、派遣会社で源泉徴収され過ぎていたということですね。
5年以内であれば、申告することにより還付を受けられたのですが、還付申告期限を過ぎていれば申告はできません。

ではこのまま確定申告をしたら、申告をしていないことによる延滞税や加算税といった何らかペナルティが発生するのでしょうか？

還付申告も納付となる申告も5年を超えていると自主的な申告はできません。
確定申告ができないわけですから、加算税や延滞税は課されません。
ただし、税務調査で不正行為だとみなされた場合は、7年間の調査期間にはなりますが調査の可能性は極めて低いです。

派遣会社の源泉徴収票を出していないので確定申告をしたいのですが、別の会社の源泉徴収票が既に年末調整が済んでおり、派遣会社の給料の金額が入っていないため、給与は100万円以下なので源泉徴収税額が0円になっていました。

派遣会社の源泉徴収票と合わせると給与の合計が100万を超えるのですが、この場合は税金を納める形になるのでしょうか？
尚6年間なので、加算税や延滞税が課されるのでしょうか？

給与収入を合算し、算出した所得税額よりも派遣会社で源泉徴収された額のほうが多ければ還付ですし、少なければ納付になります。
ただし、何度も申し上げますが、5年を超えているので、自主的には還付申告も納付のための申告もできません。