非居住者の給与所得控除の適用可否について

　　回答します
　　
　　非居住者にかかる給与で、国内源泉とされ課税される所得については「給与所得控除」の適用はありません。
　　当該「国内源泉所得」とされた給与等の額に20.42％が課税されます。
　　また、非居住者となった後の給与所得は原則「源泉分離課税」となりますが、確定申告をなさるのは他に収入があるのでしょうか。

　　なお、貴方の居住国と日本が「租税条約」を締結している場合は、「源泉所得税の納税証明願」（会社を経由して申請します）により、外国税額控除の対象となります。
　居住国の課税方法については、居住国の課税当局に問合せ下さい。

　蛇足ですが、居住者であったときに得た給与は出国前に「年末調整」を行いますが、その際には給与所得控除はあります。

ご回答ありがとうございます、理解できました。
>また、非居住者となった後の給与所得は原則「源泉分離課税」となりますが、確定申告をなさるのは他に収入があるのでしょうか。

とのご確認を頂きましたが、非居住者となったあとの日本での給与支払いは制限付き株式の付与で、源泉徴収されないためこちらの確定申告が必要との認識でおります。
その際、ご回答頂いた通りこちらについては給与所得控除なしで20.42%分を所得税として申告、納付しようと思います。(居住者であった時期の給与に関しては源泉徴収票通りに記載、必要があれば調整します。)

　お返事ありがとうございます。

　蛇足ですが、参考までにお伝えします。
　ストックオプションは、「非適格」の場合は通常給与所得となるため「源泉徴収」の対象となります。
　しかし、確定申告をされるということは、当該ストックオプションは海外の本店からの付与でその海外法人は日本に支店等を有していないと推察します。
　その場合は、源泉徴収がありませんので確定申告をされる必要がありますが、その場合は日本国内に「納税管理人」を置き申告されるか、帰国時に申告することになります。
　※源泉徴収がある場合は、実務上は、源泉所得税額相当分を会社が立替えて納税し本人から別途徴収する又は他の支払から控除する方法が取られています。

　国税庁HP掲載の、「ストックオプション」が源泉徴収されるパターンの個別相談事例を参考までに紹介します。
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/gensen/06/48.htm