別表十一(一の二) 「一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の損金算入に関する明細書」提出漏れの件

前２項の規定は、確定申告書にこれらの規定に規定する貸倒引当金勘定に総り入れた金額の損金算入に関する明細の記載がある場合に限り、適用する。
税務署長は、前項の記載がない確定申告書の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、第１項及び第２項の規定を適用することができる。

法人税法５２条に以上のような記載があります。やむをえない事情があるかどうかは税務署長が判断するもので、税務調査の担当官が判断するものではありません。修正申告を出してもかまいません。ダメなときは税務署長から書面でダメな理由を書いた通知がきます。担当官にあなたの意見はわかったけど、あとで修正申告書は出しますと言ってみるといいです。

大変参考になりました。ご回答ありがとうございます。追加で質問をさせてください。
「やむをえない事情があるかどうかは税務署長が判断するもの」の法的根拠はございますでしょうか。もしくは慣習といったものでしょうか。

調査官との交渉の際に「法律〇〇条に　やむを得ない事情があるかどうかは税務署長が判断するもの　と記載がありますので、修正申告を提出して所轄の税務署長の判断を仰ぎたく思います。」と言えたら、より良いなと思いました。

ご意見をいただけると幸いです。大変お手数ですが、宜しくお願い致します。

上記の条文（法人税法５２条３項４項）に税務署長が・・・と書いてあります。なんでもみんな役所の長が決めるものです。

安島さま、迅速で的確なご回答ありがとうございました！大変助かりました！！いただいた意見を参考に
税務調査の臨みます。

修正申告書の話は、税務調査の担当官との交渉事でいう話です。現状、貸倒引当金が入っているので、あなたがそれに修正申告を出すと、調査官のいうとおり、自分で否認したことになります。法律的には、「自分で修正申告は出しません。税務署が否認の決定をしたら、それに不服申し立てをします」という言い方になるとおもいます。担当官は、税務署の決定でやるとすごい手間暇がかかるので、あなたが自主的に引当金の設定を取り下げて、修正申告するように言ってくるとおもいます。