１年半前の売上

返金する予定ですか？
返金するのであれば、
当初仕訳
現金 4000円/売上 4000円(売上げた時の仕訳)
売上 4000円/預り金 4000円(返品時の仕訳(まだ現金が返せてないので預り金で考えてます。)
結論を申しあげますと、損益には影響しません。
この4000円は返さなくて良くなったときに雑収入に上げればいいのです。
税務調査のときにも4000円なので、特に大きな問題にはなりません。
今、気づいた時点で
現金 4000円 /預り金 4000円の仕訳を入れたらどうでしょうか？
それと損益に影響しない場合は修正申告書の提出はできません。
調査で質問された場合には、この事実を答えて貰えば大丈夫だと考えます。

首藤先生。いつもありがとうございます。
先生の回答を頂くといつも心強くなれます。
今まで売上は当たり前ですが、何度も確認して出納にあげていたのですが、工場との連絡がきちんと取れていなかった為にこういう事が起こってしまいました。完全な経理のミスです。
首藤先生のお答えいただいたように処理するようにします。
先生回答を入れてくださり感謝いたします。

その4,000円が何の分と分かるって所をみると、かなり、帳簿はよく出来ていると思いますよ。
間違いは誰しもある話しです。
調査も間違いであれば、そんなに厳しい追及はしてきませんので、あまり、気を使われなくて大丈夫ですよ。
調査が入って、質問されたら、事実どおりを話して貰えばいいと思います。