ガソリン代（通勤）と言われていて非課税だと考えていたものが車両費という名目で課税対象となった

会社の処理が正しいように思います。500円しかガソリンだはかかっていないのですから、
ガソリン代は、500円を除いて、給料になると考えます。

この500円の有り無しで扶養控除の内か外れるかが決まってしまいます


もらわないようにしたらどうでしょうか？
もらわないほうが得なように思います。

ご回答ありがとうございます
書き方が少し分かりにくかったかと思います
この500円は車両費として私の方に付与されています　
実際片道20キロ往復40kmであり500円は通勤費として貰いました
しかし、会社は通勤手当としての形ではなく車両費という形で計上を行ったため課税対象となりました
実際使用した車は燃費も良いわけではないので実費という形になっております
また、これは昨年度の収入となっているため、もし税理士さん的に間違いである場合は皆様にお願いして会社にその旨と訂正を行っていただきたいと考えております
何度も申し訳ございませんがよろしくお願いいたします

車両費が＝給与になっているのですね。
会社が正しいと考えます。

後、会社にお願いができるのなら、
車両使用契約書を契約して、月500円を使用料（家賃のようなもの）として、給料ではなく、使用料として、会社の経費にしてもらうことです。
お願いしてみたらどうでしょうか？

そうなのですね
ちなみに労働前にガソリン代や通勤手当として１キロ当たりを出しますよと言われていて、車両費計上されている場合でも問題はないのでしょうか？
素人考えでは通勤手当＝非課税だと思えてしかないのです…

通勤費は、非課税と課税があります。
下記参照。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2585.htm

お忙しい中のご返信ありがとうございました
片道20キロで一回だけなので12000円分非課税だと思っており500円分の車両費は非課税だと思っておりました
今後は気をつけたほうが良さそうですね

今後は気をつけたほうが良さそうですね

そうですね、気を付けながら、頑張ってください。
税法は、難しいです。
また、相手方がどうしてくれるかにもかかっています。
本当にむつかしいものです。