実家で個人事業主として開業する場合の家賃について教えて頂けますでしょうか。

近隣相場や固定資産税評価額から計算する相当の地代(6%)が参考となると思います。
固定資産税も、面積按分でよろしいと思います。

ご実家、ということですが、ご両親と生計は一、では無いですね。
生計が一、の場合、親族に支払う賃借料等は経費にすることは出来ません。所得税法56条。但し、事業の用に供する家屋に係る固定資産税等をその事業者の経費に算入することも出来ますが、これは無償使用の場合。基本通達56-1。
生計が一では無い、という立証責任は、申告者にありますので、税務署から聞かれたら答えられるように、理論武装いただくか、これは負担感が有る、ということでしたら無償使用とし、固定資産税等に事業割合を乗じたものを経費にするのも簡便かと存じます。

ご教示頂き有難う御座いました。
近隣の相場を調べたりもしながら、理論武装(住居が別、健康保険も別)で対応出来るかが知りたいと思います。具体的な理論武装手段は、どう言ったものがあるのでしょうか。

食事が別、お風呂が別、お金も別、といった感覚的なものをベースに国税庁タックスアンサー、国税不服審判所の裁決等で類似の事例を探って、ということになりましょうか。