事務所の定義と経費計上について

結論としては、事業遂行上、直接必要な支出であれば自宅と別宅に係る支出等を経費に算入することは可能です。
ただし、事業使用割合の範囲でということです。特に、税務調査があったときに、自宅と別宅の両方の必要性を調査することになりますが、自宅を事務所として登録しておれば経費になるというものではありませんので、ご注意ください。
なお、別宅の賃貸借契約で事務所用としての使用は認めないという条項があることについてですが、これはあくまで家主と借主との契約上の問題ですので税理士の専門外ですが、頻繁な人の出入りがなく、あくまで作業場所として使用するのであれば契約違反だとギリギリ言われることはないとは思います。ただ、契約違反となるのは転貸している親族なので、ご注意してください。

早速の返信ありがとうございます。わかりやすい説明でした。

回答内容により、追加の質問なのですが、実体はどちらでも仕事をしていたとしても、二重での経費計上はリスクがあると感じましたので、どちらか一方を選択するとします。
別宅を選択した場合、事務所は自宅のままで大丈夫でしょうか。
要は事務所では仕事せず、別場所で仕事をしている状態が認められるのでしょうか。
帳簿上、別宅が事務所なのではと指摘され、変更しなければいけないことを懸念しております。
（事務所登録をすると、大家さんに連絡が行くというネットの記事を見たため、登録はできないと考えているためです）

自宅は夫名義の持ち家で、生活を一にする相手でも、減価償却費、住宅ローンの利子部分、火災保険、地震保険は家事按分の上経費にできる、といく他の質問回答で見たのですが、計算が複雑、かつ、金額も別宅の方が高くなりそうなので、別宅を選択したいです。

ご回答頂けると助かります。
宜しくお願いいたします。

納税地を住所地、事業所を別宅とすればいいと思いますし、通常はそのように申告するケースが多いと思います。
なお、事務所登録をすれば大家さんに連絡が行くかについてですが、税務署からの通知は納税地に送られ、事業税は事業所で課税されることになります。
ただ、税務署なり県税事務所から直接大家さんに連絡がいくことは考えにくいと思います。
また、節税したいと考えると自宅も経費に入れたいと思われがちですが、税務調査になると別宅を借りている必要性に疑義が出ると思いますので、どちらかにする方が無難だと思います。

早速の回答ありがとうございます。助かりました。

では、開業届にて、納税地は自宅、事務所等は作業予定の別宅、で申請する方向で検討いたします。
直接大家さんに連絡が行かないとのこと、安心しました。ネットでは、事業利用した場合、大家さんの負担する税金が増えるため、事務所として申請すると、税務署から事務所利用されているため、税金を追加で払いなさいと連絡が行く、という記事を見まして…

何度も質問に回答いただき、ありがとうございました。

ネットの件は、消費税のことですね。居住用住宅は非課税ですが、事務所だと課税されることにはなります。
しかし、作業を行う場所を居住用マンションとするのであって、賃貸借契約自体を事務所として使用するという契約になっていない限り、消費税を課税されることはらないと思います。