二世帯住宅の一部を事務所として使用した家賃の経費計上について

義理のご両親と質問者様は生計を一（生活費等の財布を同じにしている）にしていますか？
生計一ですと親族に対してした家賃の支払は経費にいれられません。
生計一でない場合には、事業に使用する部分に関して経費に算入する余地はあります。（この場合義理のお父様は不動産所得を得ているため、そ不動産所得の確定申告をすることになります。）

同居しているということなので家賃相当額を渡す行為を、税務署側が直ちに不動産所得だと主張してくることはないかと思いますので、それを質問者様側で経費とするのもおすすめしません。（お互い収入も費用も発生させないのが良いでしょう。）

回答ありがとうございます。生計は別になっていますが、いま義父は私たちが手渡ししている家賃を不動産所得として確定申告などはしていないはずです。（お小遣いとして生活費に充てている状態です）
おっしゃるとおり、このままにした方が良さそうですね。ありがとうございます。