休業届提出後の決算申告について

例えば8月末付での休業日を9月以降に提出した場合、決算申告は通常通り5月になってから3月決算の申告をすればよいのでしょうか？

→令和6年3月期のことであれば、令和6年5月が申告期限です。

また、その場合法人税、消費税も納税することになると思いますが、法人税均等割は12ヶ月分になるのでしょうか？

→地方税法に休業に対する均等割の免除の明文規定がないため、休業日以降を免除するかどうかは自治体によって対応が異なりますから、都道府県税事務所と市町村役場にお問い合わせください。

休業しても毎期決算と法人税申告（0円申告）はしなければいけません。
税法上の問題ではありませんが、株式会社であれば役員改選登記懈怠に対する科料が課せられる、12年放置するとみなし解散として強制的な法的措置が執られるなどの問題がありますから、事業再開の見通しが立たないのであれば安易に休業にするよりも清算した方が後々後悔しないと思います。

ありがとうございます。再度検討してどうするか決めたいと思います。