清算結了登記の後にも申告があるのでしょうか？

ありますが、基本的に税務署には印鑑は必要ありません。
結了登記と清算事務報告書は別の司法書士さんにお願いしてあります

それとは別です。
でも、連動します。決算書と。

法人税申告の最後の対象期間（事業年度）は「残余財産の確定の日」までです。
実際の状況を見てみないと、債権債務の整理が終わり現預金と未払法人税と資本金だけ残した状態が「残余財産を確定した」と判断できるのかどうか不明ですが、
貸借対照表上に現金預金と未法人税等だけが残っている状態で「残余財産が確定した」としても問題ないとされています。

一方、その後残余財産の分配を行い、残余財産確定後の税金等の支払が終了することにより、貸借対照表の全ての科目の残高がすべてゼロとならないと、清算の登記はできません。
そのため、残余財産の確定の日と、清算結了の日は概念が異なるとされます。

この点を混同されている可能性があると思われます。