法人の課税業者から非課税業者への変更について

ご記載の情報だけでは判断が難しいのですが、物件購入に伴い消費税の還付を受けるため課税事業者選択届出書を提出して自ら課税事業者になったのではありませんか？
そうであれば、免税事業者になるためには課税事業者選択不適用届出書を提出する必要があるのですが、この届出書は免税事業者となる課税期間の直前の課税期間の末日までに提出する必要があるため、決算期変更という話になったのだと思います。
課税事業者のまま一棟売却すれば、建物の売却価格について消費税の納税義務が生じます。金額が大きいので免税事業者になった方が良い、という判断なのでしょう。

冒頭の通り、ご記載の情報だけでは確たる判断ができませんので上記はあくまで推測での回答です。
顧問税理士から結論だけを聞くのではなく、何故そうしなければいけないのかの理由をよくお聞きください。

丁寧なご回答ありがとうございます。
おっしゃる通り課税業者選択届出書を提出しております。
この場合、売却がなければ課税業者のままの方がいいのでしょか？（非課税業者に変更する手続きを忘れただけなのか）こういった場合どう処理するのが一般的ですか？
2ヶ月続けての決算になります、銀行、税務署等に不審に思われないかとも心配しております。

よろしければアドバイスをお願いいたします。

売却がなければ課税業者のままの方がいいのでしょうか？

→総会決議や定款変更など決算期変更の手続き及び短期間での決算申告をするかどうかの判断の問題だと思います。

（非課税業者に変更する手続きを忘れただけなのか）

→ご質問者様が来期に免税事業者になるための手続きを顧問税理士に依頼していたのであれば、忘れていたのでしょう。（顧問税理士との間でどのようなやり取りがあったのかわかりませんので、断定的な回答はできません。）

2カ月続けての決算になります、銀行、税務署等に不審に思われないかとも心配しております。

→ご心配はわかりますが、銀行や税務署がどう思うかは私にはわかりません。免税事業者に戻るために決算期変更をしたのは明らかなので、そのことを説明すれば足りる話ではあると思いますが。

いずれにしましても、顧問税理士が居られるのであれば納得がいくまで顧問税理士とお話しをすべきことかと思います。
（具体的な状況がわからない中で、当事者である顧問税理士以上のアドバイスは、申し訳ありませんが出来ません。）

とても参考になりました。
顧問税理士の先生と良く話しあって方針を決めたいと思います。
ありがとうございました。