居住用賃貸建物の課税区分について

建物は課税仕入れ、土地は非課税仕入れです。
課税仕入れ＝仕入税額控除ができるではありませんし、会計処理の課税区分＝消費税の納付税額の算定にもなりませんので。

ありがとうございます。一応法人でfreeeを使っているのですが、課税取引とすると個別対応方式の場合は問題ないのですが、課税仕入れとすると一括比例配分方式の計算に入ってしまってましてこれを控除対象外とするやり方が分からないです。何か課税区分以外で調整する方法があるのでしょうか。

消費税の申告書で調整して計算するものです。
会計ソフトへの入力＝消費税の税額計算ではありませんので、会計ソフトへの課税区分の入力で消費税の税額計算が出来るとお考えであれば間違いです。
freeeの操作方法はfreeeにお問い合わせください。

なるほど、勉強になりました。ちなみに申告書上で調整する部分が見当たらないのですが、課税仕入れ等の支払対価の額の部分に含めないように計算するだけでいいのでしょうか。

旧税率適用の課税仕入れがなければ付表2-3で控除対象仕入税額を計算しますが、これまで消費税申告書をどのように作成されていたのでしょう？
消費税申告書の作成方法を無料のネット相談で解説することは文字数の制約もありできません。
税務署に指導を仰ぐか、費用を掛けて直接税理士にご相談ください。

無料相談では、厳しいですよね。検討してみます。
これまでは、帳簿の課税区分より付表2-3の方に連動されるのでそれを元に計算しています。
そこを手計算で修正すればいいのでしょうか。

正しい控除対象仕入税額を別表2-3に記載するだけのことです。
より具体的な消費税確定申告書の作成方法は税務署の指導を受けるか、直接税理士にご依頼ください。