安全衛生協議会について

前任の者の時から決算は通常の会計の方しかしておらず協議会は1年間ではまとめていますが税金を納めた事がないのですがいいのでしょうか？


良くないです。申告納税をお願いします。税務署に聞いてください。

「安全協力協議会」は、「同業者団体」としての取り扱いをしていると思われます。
「同業者団体」は税法上は法人とみなされますが、収入は会費（協力金）のみのはずですので、会費収入は法人税がかからないことになっています。

法人税を収めていなくても協議会から請求書や懇親会などの領収書を出すことがありますが、インボイスの登録番号は会社と同じで記載し相手方は税額控除できるんでしょうか？

消費税の申告もしていないと思われます。
Tの番号をとれば、申告もできます。
不課税だと考えます。
その団体に聞いてください。

安全協力協議会の協力費は「不課税取引」と処理しているのが通常です。
たまに、本社の会計に組み入れているところがありますが、それでも不課税取引として処理していると思われます。
参考として、国税庁タックスアンサー№6467に取り扱いの説明があります。
「団体の業務運営に必要な通常会費については、一般的には対価関係がありません」ということで不課税取引となるのではないでしょうか。