納税充当金の処理について

納税充当金はあるのですが、会計上は法人税/未払法人税等が計上されていません。

→申し訳ありませんが、ご質問の意味がわかりません。税務上の納税充当金＝会計上の未払法人税等なので、会計上計上されていないということはあり得ないからです。
未払法人税等を計上していないのに、別表5(2)で損金経理をした納税充当金を記載しているのかもしれませんが、そうであればそもそもの申告書の記載が間違いですし、別表4の所得計算も間違えている可能性があります。
申告書と財務諸表を見なければ何が間違えているのか判断できませんので修正の仕方も判断できませんから、直接税理士か税務署に見てもらった方がよろしいかと思います。

前田様

ご回答いただきありがとうございます。
仰るように、未払法人税を計上していないのに別表5（2）で納税充当金を記載している状況です。

これは進行年度で前期損益修正損/未払法人税を計上すべきでしょうか。
初心者な者で大変恐縮ですが教えていただけますと幸いです。

申し訳ありませんが、先の回答でも記載していますように他の別表も間違えている可能性があると考えられ、ご記載の間違いだけかどうかもわかりません。
申告書と財務諸表を直接税理士に見て貰って間違った内容を全て洗い出す必要があります。（費用は掛かると思います）