会社運営全般に関して

こんにちは。
項目ごとにご回答差し上げます。

1.
役員報酬が損金算入できる前提であれば、役員報酬と従業員給与では税金面の違いはありません。所得税も住民税も、受け取る側ではどちらも同じ給与所得です。
社会保障につきましては税理士の専門外であるためご容赦いただきたいのですが、代表的なところだと役員は一般的に雇用保険に加入できないので失業給付を受けることができないなどの違いがあります。

2.
通常の給与に加算して支給する通勤手当としてご回答させていただくと、会社の経費として扱えます。電車やバスだけを利用して通勤している場合であれば、1か月当たり15万円まで大丈夫です。

3.
本件は税務の範囲から外れるため、あくまでも個人的な見解という前提でお願いいたします。
結論から申し上げますと分かりません。会社が100社あれば100社それぞれ答えは異なるからです。経営者の性格、景気、会社のステージなどにより採るべき考え方は様々です。
例えば、内部留保でお話しさせていただくと、創業間もない頃は内部留保よりも積極的に投資すべき、不況なら内部留保して守りを重視すべき、などが一般的な考え方になりますが、それが全ての会社に当てはまるかは分かりません。
あくまでも参考指標としてであれば、同業種の上場会社をご確認いただくのはいかがでしょうか。上場会社は財務資料を公開しているため、どのようにお金が配分されているかある程度雰囲気がつかめると思います。

お役に立つことができれば幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。