税制適格新株予約権発行における税務署への届け出について

税制適格とするには制度設計は勿論、付与時の法定調書の届け出が不可欠の要件となっていますので、税制非適格として処理するしかないと思います。

まだ行使していないなら　これから出してもだいじょうぶのような気もします。税務署で確認したらどうですか。

税制適格ストックオプションは、行使時の「新株予約権の行使に関する調書」だけでなく、付与時に「新株予約権の付与に関する調書」の提出が要件となっていますので、この届け出が漏れた場合は税制適格の適用を受けることは出来ませんのでご注意ください。

法定調書の提出は非課税の要件ではないみたいです。
調書を１月末までに会社が出しなさいと書いてあるだけなので
行使までにだせば間に合うようにも見えます。

根拠となる租税特別措置法第２９条の２第５項は以下の通りです。

付与決議に基づく契約により取締役等又は権利承継相続人に特定新株予約権等を与える株式会社は、政令で定めるところにより、当該特定新株予約権等の付与に関する調書（以下この条において「特定新株予約権等の付与に関する調書」という。）を、その付与をした日の属する年の翌年一月三十一日までに、税務署長に提出しなければならない。

ならないですので義務となります。

税制適格ストップオプションについては、権利付与時、権利行使時の各段階において調書の提出を義務付けているのは、ストックオプションによる租税回避行為を防止する観点から厳格に法令で定めているものと考えられますので、当初ご質問の付与時の調書提出をしていない場合は税制適格の優遇措置を受けることはできないものと考えらます。