税法的にどうすればいいのでしょうか？

ご質問にお答えするにあたって、役員報酬の支払いをする法人は、実体を伴う業務を行っていて、「実質課税の原則」に反しない場合を前提とさせていただきます。

役員報酬はどのように処理したらいいでしょうか？


これについてはご自身で処理済みではないでしょうか。

役員報酬で５万で設定し、現金で受け取っている仕分けにしています


つまり、役員報酬に関する会計処理は行っているが、現金勘定が正しくないということではないでしょうか。
現金勘定が正しくないのであれば、正しく修正する必要があります。
仮に、現金勘定がマイナスであれば、マイナス分は役員借入金となりますので、
（現金）×××（役員借入金）×××
としたうえで、この役員借入金分を法人の預金口座から引き出したい場合は、
（役員借入金×××（預金）×××
と経理処理することになります。

ありがとうございます
仕分けは処理済むですが
口座の金額が動いてないのは問題ないでしょうか？
それとも今まで現金で仕分けをしていたの役員報酬を、引き出して金額を合わした方がいいのでしょうか？

預金口座が動いていないのが、問題ではありません。
預金口座及び現金の実際有り高と、帳簿の残高が一致していないのであれば、これが問題になります。

実際に手元にある現金と預金通帳の金額が、帳簿上の現金・預金の金額と一致している必要があります。