法人会社の現金について

処理を依頼されている会計事務所にご相談いただくしかないと思いますが、そもそも設立の資本金を借入で賄い、その借入金を返済するのは、見せ金の禁止行為という会社法違反です。
会社法違反については弁護士にご相談ください。

ご返答ありがとうございます。
そうなのですね！全く知りませんでした…。
ちなみに、このように杜撰な管理の会社ですが、経理の一部を担当していた経理担当者である私が何か罪に問われる可能性はありますか？
現金出納帳がないので何のための引き出しなのか、など正確な情報がありません。
会計士が送ってきた元帳や、経理が持っていたメモややり取りの記録をもとにわかる限り何のための引き落としかだけでも書き上げていますが、何故か元帳から消えている部分があるので不明金になってしまうのでは…？
結果的に経理担当が横領していたのでは、などと疑われてはもともこもありません。
もちろん横領などしていません。
しかし疑われてしまいかねない管理状態にしてしまった責任は私にもあります。
会社の預金を管理しているのは経理担当と社長の2人です。
会計事務所には、そこまで細かく昔を遡るのは契約外だからやりたいなら他の税理士を探せばとまで言われてしまいました。
社長には、説明はしてあります。できる限り何のための出金なのか書き上げてはあります。社長はそれでいいと言っています。社長はあまり深刻に考えて受け止めてくれません。適当にあわせときゃいい、少しぐらい違っててもいい、と言っています。
しかし恐らく、いざ税務調査が入っていろいろ突っ込まれると、一部の経理担当である私に転嫁してきそうな気もします。
あまりにも振り回されるので、私は会社を辞めます。
辞めたあと、いつかもし税務調査が入ったら、税務調査に引っ張り出されたり、説明を求められたら応じなくてはいけないのでしょうか？
私がわかる限りの情報は書き上げて社長にお渡ししています。もし質問されたら、もちろん覚えている限りわかる限りはお答えするつもりです。
ですが変に疑われたり罪を着させられたらするのは嫌なので、今からしておけることはあるのでしょうか？

会社に関する最終的な責任は取締役にありますので、一従業員という立場で責任を問われることはないと思います。
但し、会社法違反や横領、役員による特別背任は税理士の専門外ですので弁護士にご相談ください。

税務上は、真実の申告をしていないのですから、調査で指摘されれば会社と社長に追徴等のペナルティは課せられると思います。
当初のご質問を改めて拝見すると、社長の私的流用と疑われてもおかしくない内容ですし、少なくとも社長が他人から借りた金を資本金（会社法違反の見せ金）にして、それを引き出して返しているのであれば、会社から社長への貸付金になるでしょう。

何度もご丁寧にありがとうございました。