法人口座に振込まれていた報酬が税法上の給与扱いになる場合の注意点

会社とのお仕事の関係が、あなた様の会社との業務委託や請負ということでなく、雇用関係に基づく給与に変更となる、ということでしょうか。
給与ということであれば、消費税がつかない取引ですので、消費税なしになるということは、そのとおりですね。
給与であれば、法人口座には原則振り込めないと思います。
給与所得になれば、給与所得控除という一定割合の控除額が自動的に引かれますので、個別の必要経費による所得計算は行わないので、実学の費用計上は減速できない、ということになります。
一概に、所得計算上、不利益とは言い切れません。
お仕事先との関係のことですので、よく尋ねてみることがよいでしょう。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

早速のご回答ありがとうございました。私の認識と基本的に同じで安心しました。
法人名で業務委託契約をしているにもかかわらず、源泉をして法人口座に払い込むということが良くわからないですね。
先方に確認してみます。
またよろしくお願いします。