課税事業者の消費税確定申告

消費税は資産の譲渡や役務の提供に課すると消費税法4条で規定されており、法律で定められたことですから事業者が恣意的に生じさせたり生じさせなかったりできるものではありませんから、消費税の申告は必要です。
消費税分が差し引かれた額が振り込まれたとのことですが、上記の通り消費税をなかったことにはできませんので、税込価額から値引きされて振り込まれているだけです。
例えば1万円＋消費税1,000円で請求したものが1万円しか振り込まれなかった場合、標準税率であれば1万円×10／110＝909円の消費税が1万円に含まれていることになります。
差し引かれたのが合意のうえでのことであれば売上値引き・返還なので問題はありませんが、勝手にされたことであれば取引先の債務不履行です。
これは消費税法上の問題ではなく、貴方と取引先との間の民法や商法上の問題です。