消費税の還付申請について

従来とおり、消費税申告の画面で消費税確定（還付）申告で大丈夫です。

回答申し上げます。
国税庁サイトを調べましたところ下記のとおりでございました。

法人の場合は、e-tax（WEB版）からは申告することができず、
e-taxソフトをPCにインストールいただいた上で作成することができるようです。

＜その他の事前準備＞
法人様が電子申告をするにあたっては、
法人の利用者識別番号・法人の電子証明書の取得が必要です。
【参考】国税庁　電子申告ご利用の流れ
https://www.e-tax.nta.go.jp/start/index.htm#tabs_2

上記電子証明書のご準備に手間がかかるようであれば、
紙申告いただいた方が早いかと存じます。

＜e-taxソフトから作成される場合＞
実際にe-taxソフトのインストールから申告書の作成は、
国税庁の下記説明書がご参考になるかと存じます。
（地方公共団体向けまた一部法定調書の説明が含まれるというご質問の趣旨とは異なり恐縮にございますが、
ソフトのインストールや申告書を作成するにあたってどこをクリックする等はご参考いただけるかと存じます。）
【国税庁】消費税等申告書及び法定調書等のe-Taxによる作成マニュアル
（地方公共団体向け）
https://www.e-tax.nta.go.jp/fusho/lgpki_manual_shouhi_chousyo.pdf

＜その他のe-taxの操作のご質問＞
e-taxヘルプデスクにご質問いただけますと幸いです。
https://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/toiawase2.htm