非公開会社の株式の売買価格（価額）について

譲受人は、会社で買取りとのことですが、発行会社で買い取るということでしょうか？

もしそうなら、会社は自己株式を買い取ることになりますが、自己株式は、配当可能利益の範囲内でしか買い取ることはできません。
この点はクリアしていますよね。
繰越欠損金があるようだと買い取れません。

自己株式の取得は資本等取引であり、コレによって、会社は利益又は損失の計上はありません。

譲渡した個人は、法人に対し著しく低い対価で譲渡とした場合、時価で譲渡としたとみなして所得税、住民税を納めることになります。
不動産を除外して株式の価値を算出したら10万円だけど、含めて計算したら100万円などの場合、時価（100万円）での譲渡として譲渡所得を計算することになりますから、ご注意ください。