過去3年分の期限後申告をする予定ですが、帳簿付けは必要でしょうか。

これは、税務署に相談にってどうしたらいいでしょう、といった相談をされてはいかがでしょうか？

払うべきものは払っておき、今後のものについては改めて何をすべきか把握した上で、再スタートを切ればよいのですから。

その際には、記帳した預金通帳等持参し相談すれば、大まかな所得等推計課税してくれると思います。

過去3年分をまとめて期限後申告した場合、後日、税務調査が行われる可能性がありますので、複式簿記の帳簿までは必要ありませんが、申告書や決算書（収支内訳書）の金額がきちんと説明できるようにしておかれた方が良いと思います。