個人事業で仕事を受けることについて

適正な申告納税を行えば税務上の問題はありませんが、そもそも就業規則に反しないか、勤務先の了解がなければ背任に問われないか、といった別の法令上の問題ですから、ご質問自体は税理士の専門外です。
先ずは勤務先の会社と相談すべきでしょう。

問題があると考えます。
相談者様の受けた金額は、A社の給与と認定されます。また同額がA社の売上と認定されます。
わかった時は、大変なことに巻き込まれます。
よろしくご行動ください。

私が所属しているのはB社で、且つ業務時間外に行う場合でも給与、売上とみなされ問題があるのでしょうか？

適正な申告を行えば税務上は問題ないのですね、他の法令との干渉については勤務先と相談して決めたいと思います。

私が所属しているのはB社で、且つ業務時間外に行う場合でも給与、売上とみなされ問題があるのでしょうか？
迂回していることがわかれば、そうしなければいけないと考えます。
そうしなければ適正ではないと考えます。

貴方が同族会社の同族関係者であれば外注費等を装った実質的役員給与と看做される可能性がありますが、当初のご質問に社員と書かれており、外形的にはB社の支払先はC社で貴方が報酬等を受け取るのはC社なので、これをB社の給与扱いにするというのは私の知る限り税法にはありません。
貴方はB社がA社から受注した金額とC社に発注した金額を知る立場にあるでしょうし、これを利用して勤務先であるB社の了解を得ずにC社から仕事を受けることは税法上の問題ではなく、商法上の背任（刑事罰）や不正競争防止法違反に問われる可能性があると思いますので、先ずは勤務先のB社に相談すべきと回答しました。
つまり、B社の了解を得ずに行えば問題がある行為と思います。