取引先が無申告。

ご質問にあるように、税務調査の際には現金決済分については、マークされるとは思いますが、領収書の保存があって、実在する者であれば下請先に課税するのが当然の流れだと思います。
仮に、下請先が現金決済分は貰っていないと主張すれば、今後、仕事を回してもらえないというリスクがある訳ですし、領収書を発行しているので、言い逃れはできないと思います。
いずれにしても、仮に、税務署が貴社の外注費を否認するということになれば、開き直って更正を待つしかないでしょうね。

迅速な回答ありがとうございます。
重ねて質問をさせていただく事、お許しください。
仮に税務署が弊社の外注費を否認した場合、現金の行方が不明確な状態になります。
この場合、「使途不明金」「役員賞与」のどちらを主張してくる可能性があるのでしょうか？
現金で欲しいとの要望を安易にOKしてた弊社も管理責任があるのかなと反省はしております。
しかし経費として認められないのは当然納得がいきませんし、あろうことか役員賞与などと言われてしまったら役員個人にも課税されてしまいます。

現金の使途が不明確であるだけで役員賞与と紐付けられる、更生処分をするだけの根拠はできるのでしょうか？

役員賞与は架空外注費を計上して、その役員が費消しているようなケースですので、可能性としては使途不明金でしょうか。
また、現金の使途が不明確だという理由だけで更正処分はまず難しいと思います。
ただし、領収書を貴社で作成したことが判明し、なおかつ外注先が現金決済分は貰っていないと答弁するなど、架空外注費の事実を立証できると判断すれば更正処分の可能性は否定できないと思います。

先生の仰るケースに恥ずかしながら心当たりがあります。
現金手渡しの際、領収証を用意するのを忘れたと何度も言われた為、後日弊社の現金出納帳に基づき領収証を作成して貰ったという事が複数回ありました。

書式はコンビニなどで買える領収証にゴム印、三文判です。法人に関しては角印、代表取締役印といった具合です。

当時を思い出すと払った事実は変わらないのだからと弊社の管理が悪かったと痛感します。

実際に支払っているのであれば、下請先に現金決済分は貰っていないと証言されるということは、考えにくいのですが、仮にそのリスクがあるのであれば、税務調査を前提に対策を検討しておく方がいいかもしれませんね。
今後は、その反省を踏まえてすべて振込決済にされた方がいいと思います。