住宅購入の際の持分における贈与税について。

ご質問のケースは、父親が貴方から借りた1000万円を新築戸建の購入資金に充て、登記名義をその資金を織り込んだ共有持分にしたというお話であろうと考えられます。そしてそれが事実であるならば、贈与税の問題は生じないと考えます。
　しかしこのお話には次のような疑問が生じます。すなわち、父親はなぜ購入時に1000万円を拠出することができないのか。にもかかわらず来年以降10年間で1000万円を払うということですが、それが現実に可能なのか。さらにはその原資はどこにあるのか、等です。
　これらの疑問に、納得がいくような回答を示すことのできるということと、この返済を実際に実行していくということが「問題ない」の前提条件となります。
そしてその場合には、しっかり1000万円の消費貸借契約書を作成し（念のため確定日付を付した方がベター）、預金口座に返済金を振り込む等により、これらの証拠を残していくことをお勧めいたします。
その一方、これらに「成る程」と思われる説明ができない（さらには返済がなされない）のであれば、贈与を認定される可能性は少なからずあるものと思います。