通勤手当の非課税限度額を超過して非課税手当として支給していた場合の扱い
最近経理になりました。
過去の処理を色々と確認していたところ、どうも通勤手当が出勤日数に比例する形で支給されており、その全額を非課税手当として処理しており、その額は（遠方から来る一部従業員を除き）非課税限度額を超えているようでした。
もう少し詳しく言うと、恐らく本人の住所に関係ない基準で支給されています。
例えば非課税限度額が月額7300円な一方で20000円支給していたとしたら差額の127000円が課税されるのでしょうか？それとも「月額でなく出勤日数に応じているから実質給与であり通勤手当ではない」みたいな理屈で全額が課税されるのでしょうか？
非課税限度額自体は月額で定められているものの、実際の通勤という行為は出勤日数に応じて増減すると考えると、それをもって通勤手当ではないという理屈は無理がある気もしますが。
今後適正な処理に変えるとしたら、通勤手当自体はそのまま出勤日数比例にして内訳の非課税手当を固定にして差額を課税支給として処理すれば問題ないでしょうか？
税理士の回答
住谷慎一郎
通勤交通費は最も合理的なものとされており、一般的には社員のご自宅から会社までの最も合理的な経由に基づいた一か月の定期代が基本となります。（実務として定期購入期間の最大期間、JRでは六か月などの会社もあります）
仮に在宅勤務などの理由で、通勤回数が非常に少なく、実費が一か月の定期代を下回るようでしたら、その場合は一日の往復交通費×勤務日数で支給することになります。
以上が一般的な整理です、個別の事情があれば再度追加でご質問ください。
本投稿は、2026年05月24日 12時47分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
