海事代理士への支払いについて

相手方が請求書を発行するときに、あなたが源泉徴収義務者だと分からなければ源泉徴収税額欄は記入はされませんが、あなたが源泉徴収義務者であれば源泉徴収税額を差し引いて支払うことになります。
なお、給与を支払うことになれば、源泉徴収義務者となりますので、給与支払事務所の開設届を所轄税務署に提出する必要があります。

また、従業員の源泉所得税を会社負担にすれば、その税金分は給与に加算されますので、やめるべきだと思います。

個人事業主の場合、事業専従者や従業員への給与支払いがない場合は「源泉徴収義務者」になりません。
　もしも、既に「源泉徴収義務者」になっているようでしたら、海事代理士さんに連絡して、計算してもらうとよろしいかと思います。

　なお、今後従業員などを雇用した場合に「給与支払事務所の開設届出書」を提出することで、年末調整時に納付書などが届くようになります。
　個人事業者の開業届出書を提出する時点で、給与の支払いなどが生じている場合は、開業届出書の下部に「給与支払」の詳細を記載をすることで、給与支払事務所の開設になります。（源泉所得税の「納期の特例」も申請すると良いと思います。）

　従業員の給与を会社が持つ場合は「手取り計算」となり、「源泉所得税」を引いた金額を従業員に渡すことになります。
　そのため「従業員の方の税金の負担がない」ということはできません。

　例えば、「扶養控除申告書」の提出があり、扶養が０の場合月額の給与が15万円の場合
　源泉所得税額は2,980円となり、
　150,000円-2,980円＝147,020円　
　手取りは147,020円となります。

　手取り計算とは、この147,020円を150,000円となるように税額表に当てはめることになります。
　
　税額表に当てはめると
　155,000円以上157,000円未満　に当てはめることができます。　

　この税額表での税額は　3,200円となります
　手取150,000円　+　税額3,200円　＝　税引き前の給与153,200円　
　会社の経費は　153,200円　3,200円は源泉所得税の預り金として、納税することになります。
　
　なお、別の質問の際には、分けていただいた方が分かりやすいと思います。