課税証明書をとろうとしたら、申告されていないと言われた

原因があるとすると、会社が給与支払報告書（住民税の計算の基礎となるもの）を市町村に提出していない可能性があります。

一度、会社に確認していただければと思います。

　回答します
　通常給与の支払をした者（会社）は、前年までに支払った給与に関して「給与支払報告書」を、従業員の方々の市区町村に提出します。内容は「源泉徴収票」と同じものとなります。
　考えられることは２つ
　①　請求された年分が働かれた年とずれている。
　　　例えば「令和元年の所得税」に関しては「住民税の年度は令和2年分」とずれが生じます。
　②　「給与の支払報告書」の提出が遅れている
　③　「給与の支払報告書」を別の住所地の市区町村に送付した。
　　　転居などがあると、稀ですがあります。
　念のため、会社に確認することと、市役所に源泉徴収票で申告書を提出できるか確認されてはいかがでしょうか。