ウーバーイーツの代金回収について

ご記載の例えば以下の内容がよくわかりませんが、65万円控除ということなので複式簿記を推定で回答します。

5/1月～5/4木
（借方）現金預金13,000／（貸方）売上高10,000、預り金3,000
（借方）預り金3,000／（貸方）預金3,000
5/4時点の預り金残高は0

5/5金～5/7日（上記で5/4までは仕訳されていますので）
（借方）現金預金40,000／（貸方）売上高25,000、預り金15,000
5/7時点の預り金残高は15,000

推定での回答は上記のようになります。

言葉が足りなくてすみません。

通常は1周間で〆てますが、
こういった場合は週の途中で一度しめて、日曜日に残りの分を〆れば良いのですね！

ここで問題なのが、
5/1〜5/4までの売上が手数料が引かれてる金額しか分からないことなんです。

アプリ
○日々の売上/手数料が引かれた額。
　　　　　　手数料が幾ら引かれてるのか不明

日曜に発行される支払調書
○1週間分の合計報酬（手数料が引かれる前の合計
○支払い手数料の合計金額
○一週間分の預り金の合計

なので、
5/1〜5/4までの売上10000というのは
手数料が引かれた額なのです。

単純に、5/4に預り金3000円だけ計上して
日曜日に15000から3000引いた12000を預り金として計上するのはまずいですか？

先の回答は、ご質問者様が記載した前提に即してしております。
追加のご質問は当初のご質問の前提と異なり、且つ、売上は手数料が引かれた額というのが理解できません。
売上は手数料等を引いた純額ではなく、引く前の総額で処理すのが原則だからです。

日曜日に出る支払調書には
売り上げと手数料がきちんと記載されています。

しかし、日々の売上を見るにはアプリから見るしかできなくて
そちらは手数料が引かれた金額しか表示されないシステムです。

実際のデータを拝見しないと確たる回答は困難ですが、きちんと記載されている支払調書に基づいて週単位で記帳するしかないと思います。