税込定額の料金設定ですが、インボイス上に発生する合計金額のずれをどうしたらよいでしょうか？

インボイスを作成する際、まず、3,600円の部分を税抜にすると思います。

→そもそも税抜にする必要はありません。例えば、3,600円×10件＝36,000円（10％税込）を請求する場合、10％対象・36,000円（消費税3,272円）といった記載でＯＫです。
国税庁が公表している適格請求書の記載事例をお読みください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-09.pdf

ご回答をありがとうございました。
実は、私どもの組織の作ろうとしている書式が、税抜単価×数量を足して小計を
出したのち、最後に消費税を計算して総合計を出す形にできています。
ただ、そうするとやはり無理が生じるということになるでしょうか。
価格が変えられないのであれば、書式の方を税込方式に合うように変更するのが
一番よさそうでしょうか？

もしそうした場合、単価が税抜きで設定されているものについては、単価を一旦
税込に直してから足し合わせるということになると思いますが、その作業がなん
となく「いち請求書につき、一回だけ消費税の計算をする」というところに反す
ることにはならないのか疑問に関しておりましたが、そうはならないということ
ですね。

重ねての質問となり恐れ入りますが、何卒よろしくお願いいたします。

ただ、そうするとやはり無理が生じるということになるでしょうか。

価格が変えられないのであれば、書式の方を税込方式に合うように変更するのが
一番よさそうでしょうか？
→そう思います。

もしそうした場合、単価が税抜きで設定されているものについては、単価を一旦

税込に直してから足し合わせるということになると思いますが、その作業がなん
となく「いち請求書につき、一回だけ消費税の計算をする」というところに反す
ることにはならないのか疑問に関しておりましたが、そうはならないということ
ですね。
→先のリンクをご覧になりましたか？発行する請求書一つについて一回の消費税を計算するということですし、当初のご質問に定額(税込)と記載されている一方で単価が税抜で設定されているものというのが矛盾しています。
申し訳ありませんが疑問になられていることが理解出来ません。

質問の仕方が正確さに欠け、わかりにくくなってしまい、申し訳ありません。
実は、当方には定額（税込）のものと定額（税抜）のものとが混在している状況です。
一方で、書式は税抜設定の方に適するように作成されようとしているため、現状では
「税込価格」の方だけが書式に合わず、単価を税抜きに直してから計算すると端数が
出てしまうということで、どうしたらよいか悩んでおりました。（それが、当初の質問
です）

書式を税込を基本に作成しなおした場合、今度は逆に税抜設定の価格の方が書式と合わ
ないことになりますが、こちらのケースについては単価自体を税込に計算し直してから
足し合わせ、最後に税率ごとの消費税を記載すればよいということでしたら、取り扱い
に悩むような端数は出ないと思います。

この考え方でよいかどうか、教えていただけないでしょうか？
リンク先は拝見しております。ありがとうございます。
よろしくお願いいたします。

貴方が単価を税込と税抜で混雑していても、そもそも販売する時は消費税込みの価格で販売しますよね？
その税込価格を全て合計して、当初のリンクに記載されているような形式の請求書を発行すれば済む話だと思いますから、ご記載の考え方で良いと思います。

お忙しいところ教えていただきありがとうございました。
理解できました。