請求書について

外税の返金である-3,035円に税率をかけるのはおかしいと思うのですが、どうでしょうか？

おかしくはありません。
3035円を消費税と思っているのが間違いです。
全体の支払額から3035円を引くのです。
引いた後の金額には、10/110の消費税が入っています。

3035円を消費税と思っているのが間違いです。

すみません、話が噛み合っていないようなので改めて質問させていただきます。

12月の売上 30,350円 + 消費税で33,385円を請求し、33,385円が振り込まれました。
内税で計算していいた場合は30,350円で請求するので差分は3,035円です。

この3035円を返金してほしいという話なのですが、返金する場合この3,035円に税率10%をかけ
3,338.5円を返金すべきだということですか？

差分は3,035円です。
差額分に消費税が入っています。内税の消費税を記載すべきです。