従業員からお金を借りる場合

このケースでは、金銭消費貸借証書（借用書）などの契約書で、借りたお金の内容がわかるようにするとともに、返済方法等についても明記していることと思います。
・個人的な貸し借りであれば、あとはきちんと返済し、返済がわかるように領収証や金融機関振込票などを保存しておくだけで、ほとんどの場合、事足りると思います。
・「ある時払いの催促なし」といった状況にならないように注意すべきといったところです。
・貴殿のご質問は、おそらく、事業資金として借りるケースではないかと考えての回答です。
借入金額（現預金／借入金○○円）を経理し、返済の都度、逆仕訳をして借入金を減らしていくことになります。利息も追加仕訳します。
・特別な事情がないご質問ですから、事業資金としての借り入れであれば、事業の会計でわかるように記載していく、といった一般的な注意点しかないと考えられます。

ご回答ありがとうございました。
一点気になったのですが、利息は必要でしょうか？
個人が法人から借りる場合、法人は利益を追求する存在のため利息はつけないといけないみたいなことを聞いたことがありますが、法人が個人から借りる場合、個人はそういう存在ではないため、利息をつけるかつけないかは任意なのではないかと思っていたのですが、いかがでしょうか。

貴殿のご見解のとおり。
本件では利息の有無はどちらでも課税上の弊害はないと考えられます。
一方、特に一時的な用立てで借りる場合は、そのようなことも多いと思います。