修繕のために器具を入れ替えた場合の会計処理

①一部を除却して新しい固定資産を登録する
②修繕費として処理する

①が正しいように思います。

修繕費として費用計上するか、資本的支出として資産計上するかだと思います。

修繕費として費用計上するか、資本的支出として資産計上するかの判断について、以下にまとめました。

修繕費として処理できるケース
以下のいずれかに該当する場合は、修繕費として全額を費用として計上できます。

通常の維持管理や原状回復のための費用: 固定資産の通常の維持管理や、災害などによって破損した固定資産を元の状態に戻すためにかかった費用。

20万円未満の修理・改良費用: 一つの修理や改良にかかる費用が20万円未満である場合。

概ね3年以内の周期で行われるもの: 過去の実績などから、おおむね3年以内の期間を周期として行われることが明らかな修理や改良。

資本的支出か修繕費か区分が不明な場合の特例（あくまで不明の場合、資本的支出と判断できる場合は除く）
どちらに該当するか判断が難しい場合は、以下のいずれかに該当すれば、修繕費として処理することが認められます。

60万円未満の費用: その修理・改良費用が60万円未満である場合。

前期末取得価額の10%相当額以下: その費用が、修理・改良の対象となる固定資産の前期末時点の取得価額の約10%に相当する金額以下である場合。

上記以外の場合
上記のいずれにも該当しない修理・改良費用は、原則として資本的支出となります。この場合、その費用は資産として計上し、器具備品などと同じ耐用年数で減価償却を行うことになります。

器具備品→✖
器具一式→〇

部品を交換することで、器具一式の資産価値が増加する（耐用年数が延びる、性能が上がる）ことが明らかな場合は、資本的支出として資産計上となります。
上記が明らかでない場合は、60万円未満の支出については修繕費として処理可能です。
具体的には、下記国税庁HPをご参照ください。

◆ご参考
・No.1379 修繕費とならないものの判定
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1379.htm