役員借入金の操作

あくまで想像ですが、40万円は個人的にお金が必要になったため一時的に会社から借り出してその後戻したものではないかと思われます。

また、50万円の現金は以下の方法で会社への入金原資をねん出したものと考えられます。

まず大前提として現時点での現金実高や預金通帳の残高と帳簿上の現金残高、預金残高が一致していないのであれば帳簿に未記帳の分を個人的に懐に入れている可能性があります。

現金、預金通帳の残高と帳簿上の現金、預金残高が一致しているのであれば下記の方法で横領することが考えられます。

①架空経費を利用した出金
実際にはありもしない架空の経費を作成し、個人の懐にお金を入れてしまう方法です。記帳された支出について領収書や請求書がないのであれば、この方法が考えられます。但し、領収書等を偽造する場合もありますので通常の取引先等と関係ないものについては疑ってみたほうがよいかと思われます。

②売上金の個人口座への入金
売上金を個人口座へ入金してしまう方法が考えられます。この場合、売掛金の消込がなされないため、売掛金が滞留します（年齢が古くなります）

③仮払金等の仮勘定を利用した出金
上記①と内容的には同じですが、正式な勘定科目ではなく仮払金等の仮勘定で個人用にお金を支出してしまう方法です。こちらの方が上記①より簡単に見つかると思います。

④仕入先と共謀したキックバック
担当者が仕入先と共謀していた場合、通常の値段より高い値段で仕入れて差額を担当者にキックバックするという方法が考えられます。この場合、通常より発見するのは難しくなるため、仕入等に詳しい方に確認していただく必要があります。

以上、代表的な横領の方法を記載しましたが、一度専門家に帳簿の検証を相談されることをお勧め致します。

ご返答ありがとうございます。
いままでその人間が経理をしていたために、顧問税理士さんにはお願いしてませんでしたが、解任後
に新たな税理士さんにお願いし始めました。
その税理士さんに今回のことを調べてほしいと依頼したのですが、現金の部分での操作であり、その時点でだれも実際の残高を確認してないので、請求書や領収書など書類もないなら、わからないと言われました。専門家に調査依頼とのことですが、誰にお願いすればいいでしょうか？

現金の部分での操作で証憑もないとなると顧問税理士さんのおっしゃる通り難しいかと思います。1件につきある程度の支出額があるのであれば、支出先に確認する方法もありますが、１件１件が少額ですとほぼ不可能かと存じます。

専門家とは顧問税理士さんを想定しておりましたが、お役に立てず申し訳ございません。