振込入金された場合の支払証明書に関して

請求書の控えと請求金額に対応した入金が通帳で確認できれば十分です。
振込明細を相手方に提供することは、通常ないと思います。

ご回答有難うございます。
入金された通帳のコピーをしていた方が宜しいでしょうか？

　回答します。

　「明細がない場合の証明書」というものは特に必要が無いと思います。
　何を証明したいのかにもよりますが、請求書と通帳（記入）がその証明になります。その都度「仕訳」をされればよいと思います。
　なお「明細」に関しては、取引の内容が不明なので一概に言えますんが、請求書の中に織り込むことが一般的とだと思います。

　例）売上請求書
　　　　売上　 100,000円
　　　　消費税　10,000円
　　　　合計　 110,000円
仕訳（税込み経理）
　　　〇月〇日
　　　　売掛金　110,000円/　売上　110,000円　　
　　　　（適用）　○○社△△の売上

　　入金（振込手数料が500円引かれていた場合）
　　　△月△日
　　　　普通預金　109,500円　/　売掛金　110,000円
　　　　支払手数料　　500円　/
　　　　（摘用）〇〇社売掛金入金　振込手数料500円

　参考にしてください。

通帳は証憑類なので7年間保存する必要があります。（欠損金が生じた場合は10年間）
通帳そのものを保存していればコピーは必要ありませんが、ネットバンク等通帳不発行であれば月毎にプリントアウトして編綴しておけば結構です。