自院による従業員への健診・インフル予防接種等の消費税課税について

当院は課税事業者で簡易課税で申告をおこなっておりますが、この場合はその他の収入については課税売上でしょう?
全く本人からは費用徴収しておりませんので、対価性がないという事で不課税でもよいのかとも思い悩んでおります。


はい、課税売上だと思います。
対価性の有無というのは、役務提供の有無により判断しますので、有りと考えられます。
実際に、医療法人は、健診という役務を提供しているわけですから。
そして、健診の費用をもらわなかったのは、従業員だから、という理由で、それ自体が、対価性の有無の判断の対象にはなりません。

より厳密な処理とすれば、
未収入金/売上高
福利厚生費/未収入金
ととらえられますが、このように取引を2つに分けると、福利厚生費だからといって、売上高の消費税の課税区分が変更になるとは、考えらません。