ロイヤリティーにかかる消費税について

ロイヤリティーの額は、商品の売上額（税抜）に100分の10を乗じて得た額（１円未満の端数は切り捨てる。）とする。

これはあくまで税抜きのロイヤリティーの計算方法を定めたものと考えられ、ロイヤリティーに消費税を加算して請求することは一般的なことですので、ご質問者様とデザイン事務所との認識の違いが原因かと思われます。

「ロイヤリティーの額（税込）は、商品の売上額（税抜）に100分の10を乗じて得た額（１円未満の端数は切り捨てる。）とする。」

契約は双方合意が原則ですので、相手方がこの条項を承諾すれば消費税は加算されないと思います。

支払う金額がトータルで少ない方がいいと思うのは必然だと思います。

しかし消費税の面では少し考え方を変えてみる必要がでてきます。

もしあなたが課税事業者（消費税を納める義務がある事業者）である場合には、払った消費税は売上に対する消費税から引くことができますので、本体金額だけ気にすればよろしいかと思います。

分かりやすい例として
売上が1080万（本体売上　1000万、消費税　80万）
ロイヤリティー108万　（　本体金額　10万、消費税　8万）
納める消費税は　80万　-　8万　＝　720,000円　が納める税金となります。

もしロイヤリティーを100万とすると
その内訳は、本体金額925,926円、消費税74,074円　となり
納める消費税は　80万　-　74,074円　＝　725,926円　となります。

上記の場合、ロイヤリティーを100万とすると、納める消費税が多くなります。

結果的に、納める消費税の方の金額が変わるので、本体金額のみを気にするようにすればいいということになります。

しかし課税事業者でないのでしたら、消費税も含めて支払金額が少ない方がお得となります。
例えば
消費税分含めた売上が1080万円
消費税含めたロイヤリティー108万
納める消費税はないので、消費税分の得は72万となります。

もしロイヤリティーに消費税を含めないで支払えば、
80万　-　0　＝　80万円　が消費税分お得となります。

もし課税事業者でないのでしたら、双方合意の上に契約を交わし、金額を明確にすればいいと思います。

お二人とも本当にありがとうございました。丁寧な説明でよく分かりました。
具体例を挙げてくださったので、大森税理士の回答をベストアンサーにさせていただきました。