源泉徴収の二重支払について

源泉徴収は所得税ですから、A社とB社の取引で10%引かれているのは、間違いではないのかなと思います。
A社が源泉徴収をする場合は、A社が個人Cと直接取引をする場合のみです。
ちょっと気になるところは、今まではA社と個人Cであった取引が急にB社を入れるようになったかというところです。
B社を入れることになった経緯等は調査等でも質問される可能性が高いですので、その点はその事情等を整理しておいた方がよろしいかと思います。
また、A社がB社に振込む際に差し引いた源泉所得税は、A社が源泉所得税の過誤納還付請求書を税務署に提出することで還付され、B社はその差し引かれた差額10万円を受け取る権利があるものと考えます。
これはA社にしてもらわないといけないことですから、その点は、A社と話し合いをして頂く必要があります。

契約切替が間に合わず、A社に源泉徴収されてしまったものはこれはCの収益と考えて下さい。
その上で、CはBに対して業務を再委託して、Bに対してAより受け取った金額と同額を報酬として払うと考えます。

結果：
A・・・C個人への支払。源泉徴収して問題なし。
B・・・Cからの売上。
C・・・Aからの売上、Bへの支払いをそれぞれ収益と必要経費で計上。所得発生無し。源泉天引はされているので還付される。


最後にBが支払う役員報酬のことがありますが、役員報酬はCからBに対する業務全体の見返りです。役員報酬の支払いは何ら問題ありません。今回の件とは関係ないものと考えましょう。Cには給与が発生しますから、源泉天引分は年末調整で清算されます。