青色専従者の交通費の支払い、源泉徴収について質問です。

給与と、非課税の範囲内の通勤手当は、別物です。
純粋な給与の額が、88,000円未満の場合は、扶養控除等申告書というものを提出し、保管していれば、給与所得者に扶養親族がいなくても、源泉所得税はゼロです。

通勤手当に関しては、給与に上乗せして支給せずに、貴方が、定期を買って、奥さんに支給し、その定期の領収書の金額を、経費として計上するのが、総合的に合理的だと思います。

回答します

　「通勤費（交通費）」を非課税とする場合、給与明細などでその部分が明確に表示されている必要がありますので、必ず給与明細書を作成するようにしてください。

①　非課税枠
　　交通機関を使用している場合は「合理的な通勤手段」における通勤費が非課税になります。
　　そこで、週4日勤務されるのであれば、往復の切符代ではなく１ヶ月の「定期券代」が相当であると思われます。
②　源泉徴収の要否
　　給与明細で通勤費が明確に区分され、かつ、奥様から「扶養控除申告書」の提出を受けた場合、税額表は「甲欄」適用となりますので源泉徴取税額は発生しません。（源泉徴収は不要となります）
③　領収証について
　　領収証の入手・保管は特に必要ありませんが、定期券であれば、領収証も入手できますので、「通勤している＝専従している」ことの証拠として保存されていた方が良いかも知れません。

　以上参考にしてください

早々に回答いただき、ありがとうございます。
妻の定期は、支給する形で進めたいと思います。

少しでもお役に立てましたら幸甚です。

　定期券の方がよろしいですね。