法人が社宅を購入した場合の決算処理について

ご認識の通り特別な処理は必要ありません。
「仮払消費税等の金額＞みなし仕入控除税額等」はおそらく消費税の納税額を決算整理仕訳した際に、仮払消費税額等と消費税納税額の合計額が仮受消費税額より大きくなるため、差額として損失が出るケースを指しているものと思われます。
その場合は控除対象外消費税額等が発生し、課税売上割合などの条件に合致した場合、繰延消費税額として複数年で償却することとなります。
ご相談のケースでは課税売上割合が99%とのことですので、一時に損金経理しても問題ありません。

ご回答いただきありがとうございます。
特別な処理が不要であることを確認でき、非常に安心いたしました。
ただ、一点だけ気になることがあります。
税務署に電話で確認したところ、対応された方の説明では、
控除対象外消費税等とは、
①本則課税であること
②税抜経理方式を採用していること
③課税売上高が5億円を超えるか、課税売上割合が95%に満たないこと
上記の条件をすべて満たす場合において、仮払消費税等の金額の内で仕入税額控除の対象外となるもの、とのことでした。
つまり、これらの条件に当てはまらない限り、そもそも控除対象外消費税等が発生しないとのことでした。
しかし、私の調べた範囲では、簡易課税でも税抜経理であれば、控除対象外消費税等が発生し、繰延消費税の処理が必要なケースが存在するという情報が得られました。
この点についてお伺いできれば幸いです。

税務署の回答の意図は分かりませんが、簡易課税の場合でも税抜経理方式を採用している場合は控除対象外消費税等が発生する可能性はあります。

ご回答いただき心から感謝申し上げます。頭が混乱していた状態でしたが、ご丁寧なご説明によりすっきりと理解できました。非常に助かり、かつ勉強にもなりました。改めてお礼申し上げます。