出資分の損失は役員が全額補填しないといけないのか？

法人Aが法人Bに全株出資と法人A　法人B共に同一人物が100％株主
矛盾していますが、法人Aが法人Bの100％株主の前提で回答します。
株式会社の株主は出資した金額分の責任を負う有限責任であって、出資した株式が紙くずになるだけでそれ以上の責任は負いませんし、出資したのは代表取締役ではなく法人Aなので、そもそも代表取締役に損失を補填する法的義務はありません。
また、法人Aの株式を貴殿が100％保有しているのであれば、法人Aが保有する法人Bの株式が紙くずになった経営責任を他の株主から問われること（株主代表訴訟）もありえませんので、顧問税理士の見解は理解できません。
尤も、無料の税務相談コーナーでの回答と顧問料を払っている顧問税理士の見解が相反していますので、顧問税理士とよくお話合い下さい。